Istnieją jednak pewne zawiłości:
* Działa utracone: Wiele jego dzieł zaginęło, uległo zniszczeniu lub wciąż pozostaje nieodkrytych.
* Współpraca: Van Eyck prawdopodobnie współpracował ze swoją pracownią, więc niektóre przypisywane mu obrazy mogły zostać wykonane przez asystentów.
* Atrybucje: Historycy sztuki debatują nad niektórymi dziełami, czy zostały namalowane wyłącznie przez Van Eycka, czy też częściowo przez jego warsztat.
Tak więc, choć mamy rozsądne pojęcie o jego zachowanej twórczości, prawdziwa liczba stworzonych przez niego obrazów pozostaje tajemnicą.