Główni antagoniści:
* Magneto: Magneto, najbardziej kultowy złoczyńca X-Men, to potężny mutant potrafiący manipulować magnetyzmem. Uważa, że mutanci są lepsi od ludzi i powinni rządzić światem, co często kłóci się z marzeniem Profesora X o pokojowym współistnieniu.
* Apokalipsa: Potężny, starożytny mutant potrafiący absorbować moce innych, Apocalypse stara się oczyścić świat i stworzyć nowy porządek, którego władcą jest on sam.
* Sabertooth: Dziki i brutalny mutant o wzmocnionych zmysłach, nadludzkiej sile i zdolnościach regeneracyjnych, Sabertooth jest bezlitosnym drapieżnikiem i zaprzysiężonym wrogiem Wolverine'a.
* Mistyka: Mistrzyni zmiany kształtu i oszustwa Mystique jest utalentowanym szpiegiem i zabójcą, który często działa w cieniu. Ma złożone relacje z X-Menami, czasami zachowując się jak sojusznik, a innym razem jako bezwzględny wróg.
* Bractwo Mutantów: Grupa mutantów dowodzona przez Magneto, który wierzy, że ludzie są wrogiem i mutanci muszą rządzić. Na przestrzeni lat do tej grupy należało wielu członków, w tym Toad, Pyro i Blob.
Inni znani przeciwnicy:
* Pan. Złowrogi: Genialny, ale bezwzględny genetyk mający obsesję na punkcie manipulowania ewolucją mutantów.
* Juggernaut: Niepowstrzymana siła natury o ogromnej sile i niezniszczalności.
* Strażnicy: Potężne roboty przeznaczone do polowania i niszczenia mutantów.
* Klub Piekielnego Ognia: Ekskluzywna i potężna organizacja, która stara się kontrolować moce mutantów dla własnych celów.
* William Stryker: Dowódca wojskowy, który wierzy, że mutanty stanowią zagrożenie dla ludzkości i stara się je wyeliminować.
Organizacje:
* AIM (zaawansowana mechanika pomysłów): Organizacja naukowa, która często zajmuje się niebezpieczną technologią i kilkakrotnie starła się z X-Menami.
* Hydra: Globalna organizacja terrorystyczna, której historią była chęć kontrolowania zmutowanych mocy.
* Oczyszczacze: Fanatyczna grupa ludzi wierząca, że mutanci są plagą na świecie.
Należy zauważyć, że X-Men w swojej długiej historii stawiali czoła wielu innym przeciwnikom, ale są to jedni z najbardziej godnych uwagi i powracających wrogów. Wrogowie X-Men odzwierciedlają złożone motywy uprzedzeń, strachu i walki o równość, które są wplecione w całą serię.