Podczas wojny Yahiko, Nagato i Konan byli świadkami okropności wojny i zdecydowali, że pewnego dnia stworzą świat bez wojen i bólu. Założyli Akatsuki, organizację mającą na celu osiągnięcie pokoju wszelkimi niezbędnymi środkami.
Początkowo Akatsuki było małą organizacją skupiającą się na pomaganiu małym wioskom i krajom dotkniętym wojną. Jednakże, gdy organizacja rosła w siłę i wpływy, zaczęła przyciągać uwagę większych wiosek shinobi. Wioski zaczęły postrzegać Akatsuki jako zagrożenie i zaczęły podejmować działania przeciwko tej organizacji.
W wyniku nacisków ze strony wiosek, Akatsuki zaczęło się zmieniać. Stało się bardziej zmilitaryzowane i zaczęło skupiać się na zdobyciu władzy, a nie na osiągnięciu pokoju. Organizacja zaczęła rekrutować przestępców rangi S, a jej metody stawały się coraz bardziej bezwzględne.
Ostatecznie Akatsuki zostało pokonane przez Naruto Uzumakiego i jego przyjaciół, a jego członkowie zostali rozproszeni po całym świecie. Jednak dziedzictwo Akatsuki nadal żyje i pozostaje symbolem niebezpieczeństw ekstremizmu.