* Niebezpieczeństwa związane z ocenianiem na podstawie pozorów: Historia pokazuje, jak łatwo można dać się zwieść pierwszemu wrażeniu. Czytelnik, podobnie jak policja, początkowo podejrzewa niewinnego Charlesa McCarthy’ego ze względu na jego szorstki wygląd i fakt, że kłócił się z ojcem.
* Znaczenie poszukiwania prawdy i sprawiedliwości: Historia podkreśla potrzebę wyjścia poza powierzchowne osądy i zagłębienia się w prawdę, bez względu na to, jak niewygodna lub niewygodna może ona być. Metodyczne śledztwo Holmesa odkrywa prawdziwego winowajcę, pokazując, że sprawiedliwości nie można osiągnąć poprzez założenia.
* Konsekwencje chciwości i egoizmu: Ta historia pokazuje, jak niekontrolowana chciwość i egoizm mogą prowadzić do niszczycielskich konsekwencji. Morderstwo, motywowane chęcią dziedziczenia, podkreśla niszczycielską siłę chciwości.
* Kruchość relacji międzyludzkich: Fabuła bada złożone i często napięte relacje między ojcami i synami. Napięcie między Karolem a jego ojcem, zakończone tragedią, pokazuje kruchość więzi rodzinnych.
* Znaczenie krytycznego myślenia i obserwacji: Sukces Holmesa w rozwiązaniu zagadki leży w jego umiejętności skrupulatnej obserwacji szczegółów i analizowania dowodów. Zachęca czytelnika do krytycznego myślenia i nieprzyjmowania pozorów za dobrą monetę.
Ostatecznie Tajemnica Doliny Boscombe służy jako przypomnienie, że pozory mogą mylić i że prawdziwa sprawiedliwość wymaga dokładnego zbadania i chęci kwestionowania założeń. Podkreśla znaczenie poszukiwania prawdy i sprawiedliwości, nawet jeśli jest to niewygodne, oraz konsekwencje pozwalania, aby chciwość i egoizm zaćmiły nasz osąd.