1. Legenda o psie: Historia zaczyna się od mrożącej krew w żyłach legendy o potwornym psie, uważanym za przekleństwo rodziny Baskerville. Wątek ten początkowo wydaje się jedynie folklorem, ale szybko staje się jasne, że skrywa w sobie złowrogą prawdę, nawiązującą do bieżących wydarzeń i niedawnych zgonów.
2. Tajemnicza śmierć Sir Charlesa: Nagła śmierć Sir Charlesa, głowy rodziny Baskerville, podsyca początkowy strach i podejrzenia. Początkowe założenie o zawale serca zostaje podważone przez obecność dużego, tajemniczego śladu stopy i niesamowitą historię terroru Sir Charlesa przed śmiercią. Ten wątek napędza śledztwo i przygotowuje grunt pod przybycie Holmesa i Watsona.
3. Dziwne zachowanie Stapletona: Enigmatyczny charakter Stapletona, pozornie nieszkodliwego przyrodnika mieszkającego w pobliżu Baskerville Hall, jest początkowo przedstawiany jako przyjacielski sąsiad. Jednak jego działania, zwłaszcza zainteresowanie legendą o psie i wiedza o śmierci Sir Charlesa, budzą wątpliwości co do jego prawdziwych intencji. Ten wątek prowadzi do jego ostatecznego zdemaskowania jako sprawcy.
Te trzy pozornie odrębne wątki zbiegają się, gdy Holmes odkrywa tajemnicę. Legendę, śmierć i zachowanie Stapletona łączy złowrogi plan odziedziczenia majątku Baskerville poprzez morderstwo. Rozwiązanie zagadki polega na połączeniu tych wątków, co kończy się ujawnieniem prawdziwej natury psa i motywów Stapletona.