Ojciec Bruna zostaje awansowany na komendanta Auschwitz, a rodzina przenosi się do obozu koncentracyjnego. Bruno jest zdezorientowany i zdenerwowany zmianami w jego życiu. Nie rozumie, dlaczego musi zostawić przyjaciół i dom, nie rozumie, co dzieje się z ludźmi w obozie koncentracyjnym.
Bruno spotyka Szmuela.
Pewnego dnia Bruno eksploruje teren obozu koncentracyjnego i po drugiej stronie płotu zauważa małego chłopca. Chłopiec ma na sobie piżamę w paski i wygląda na bardzo smutnego. Bruno zaczyna rozmawiać z chłopcem i zostają przyjaciółmi. Shmuel opowiada Brunoowi o swoim życiu w obozie koncentracyjnym, a Bruno zaczyna rozumieć okropność tego, co się dzieje.
Bruno zakrada się do obozu koncentracyjnego.
Pewnego dnia Bruno postanawia wkraść się do obozu koncentracyjnego, aby odwiedzić Szmuela. Zakłada pasiastą piżamę i przekrada się przez płot. Bruno znajduje Szmuela i spędzają razem dzień. Grają w gry, rozmawiają i śmieją się. Bruno zdaje sobie sprawę, że nawet w najciemniejszych czasach wciąż jest nadzieja.
Bruno i Szmuel zostają zabici.
Następnego dnia Bruno i Szmuel zostają złapani przez nazistów. Zabiera się ich do pokoju i podaje im śmiertelny zastrzyk. Bruno i Szmuel umierają razem, a ich ciała spalane są w krematorium.
Chłopiec w pasiastej piżamie to mocna i poruszająca opowieść o Holokauście. To opowieść o przyjaźni, niewinności i sile nadziei.