Pierwsze organy piszczałkowe powstały w III wieku p.n.e. w Grecji. Te wczesne organy były bardzo proste i składały się tylko z kilku piszczałek. Z biegiem czasu organy stawały się coraz bardziej złożone i zaczęto je stosować w kościołach i katedrach. W XVI wieku organy były jednymi z najbardziej złożonych i wyrafinowanych instrumentów na świecie.
Obecnie organy piszczałkowe są nadal używane w kościołach i katedrach, a także salach koncertowych i innych miejscach. Uważane są za jedne z najpiękniejszych i majestatycznych instrumentów na świecie.