Najwcześniejsze dowody muzyki karnatycznej można znaleźć w tradycjach muzycznych starożytnych Tamilów. Starożytni Tamilowie opracowali system muzyczny zwany Tamizh Isai, który opierał się na skali siedmiodźwiękowej (Saptha Swaras) i wykorzystywał różne instrumenty muzyczne, w tym yazh (instrument strunowy) i kudam (instrument perkusyjny). Tamizh Isai był używany podczas ceremonii religijnych i występów kulturalnych.
Muzyka karnatyczna rozwinęła się później pod wpływem religii hinduskiej i pod patronatem dynastii rządzących południowymi Indiami. W XIV wieku Imperium Widźajanagara wyłoniło się jako potężne królestwo w południowych Indiach i stało się głównym ośrodkiem rozwoju muzyki karnatycznej. Władcy Widźajanagary byli wielkimi mecenasami muzyki i tańca i zachęcali do rozwoju szkół i instytucji muzycznych. Zlecili także skomponowanie wielu nowych dzieł muzycznych, w tym kritis, swaras i jathis.
W XVII i XVIII wieku muzyka karnatyczna rozkwitła pod rządami Imperium Marathów i Królestwa Mysore. Władcy Marathów byli wielkimi koneserami muzyki i tańca i zachęcali do rozwoju muzyki karnatycznej na swoich dworach. Władca Mysore, Krishnaraja Wodeyar III, był wielkim mecenasem muzyki i tańca i zlecił skomponowanie wielu nowych dzieł muzycznych.
W XIX wieku muzyka karnatycka zetknęła się z muzyką zachodnią w związku z brytyjską kolonizacją Indii. Niektórzy muzycy Carnatic zaczęli włączać do swojej muzyki elementy zachodnie, takie jak użycie fortepianu i skrzypiec. Muzyka karnatycka zachowała jednak swój tradycyjny charakter i nadal opierała się na skali siedmiodźwiękowej oraz zastosowaniu rag i talas.
Dziś muzyka karnatycka jest kwitnącą formą sztuki i jest wykonywana przez muzyków na całym świecie. Uważany jest za jeden z najbardziej wyrafinowanych i złożonych systemów muzycznych na świecie i podziwiany jest za swoje piękno, emocjonalną głębię i duchowe znaczenie.