Pod koniec Danny Phantom Danny pokonuje swojego arcywroga Vlada Plasmiusa i ratuje świat przed jego złymi planami. Udaje mu się także uwolnić swoich rodziców ze Strefy Duchów i ponownie łączą się jako rodzina. Danny i jego przyjaciele mogą wrócić do normalnego życia, ale teraz są świadomi świata duchów i związanych z nim obowiązków.
Seria kończy się, gdy Danny i jego przyjaciele odlatują w stronę zachodzącego słońca, gotowi stawić czoła wszelkim wyzwaniom, jakie staną im na drodze.