Najważniejszym dziełem Gysiego była jego książka _Die Artikulation des Unterkiefers_ (1908), w którym opisał swoje badania anatomii i funkcji stawu skroniowo-żuchwowego. Opracował także kilka instrumentów i technik pomiaru zgryzu i artykulacji, w tym artykulator Gysi Simplex .
Prace Gysiego wywarły ogromny wpływ na rozwój stomatologii i uważa się go za jednego z ojców współczesnej okluzji i artykulacji.
Oto lista niektórych z najważniejszych dzieł Alfreda Gysiego:
* _Anatomie der Kaumuskulatur_ (1897)
* _Die Artikulation des Unterkiefers_ (1908)
* _Problem artykulacji_ (1910)
* _Podręcznik protetyki stomatologicznej_ (1915)
* _Badania stawu żuchwowego_ (1929)
* _Der Kauapparat des Menschen_ (1940)
Prace Gysiego zostały przetłumaczone na wiele języków, a za swój wkład w stomatologię otrzymał on liczne nagrody i wyróżnienia. Uważany jest za jedną z najważniejszych postaci w historii stomatologii.