Marty odkrywa, że Shiloh jest przywiązana do drzewa, wyraźnie zaniedbana i źle traktowana, po czym nawiązuje silną więź ze zwierzęciem. Jednak Shiloh należy do Judda Traversa, okrutnego i agresywnego właściciela, który początkowo odmawia sprzedaży psa Marty'emu. Pragnienie Marty'ego, by uratować Shiloh z jego obelżywych okoliczności, prowadzi go do konfliktu z Juddem i jego synem, którzy grożą i zastraszają Marty'ego, aby uniemożliwić mu ingerencję.
Konflikt zaostrza się, gdy Marty postanawia zabrać Shiloha do domu i ukryć go, przeciwstawiając się rozkazom Judda. Judd bezlitośnie zabiega o powrót Shiloh, a Marty staje w obliczu rosnącej presji i dylematów moralnych. Przyjaźń Marty'ego z koleżanką z klasy, Darą Lynn, pomaga mu w opiece nad Shiloh i ukrywaniu miejsca pobytu psa, ale Marty zmaga się również ze strachem, że zostanie złapany przez Judda i konsekwencjami, jakie mogą z tego wyniknąć.
Główny konflikt w „Shiloh” obraca się wokół zderzenia współczującej natury Marty'ego i bezdusznego lekceważenia dobrostanu zwierząt przez Judda. Rodzi ważne pytania dotyczące etycznego traktowania zwierząt, natury własności i tego, jak daleko należy się posunąć, aby chronić niewinne stworzenie przed krzywdą. Fabuła porusza tematy odwagi, lojalności i więzi utworzonych między ludźmi i zwierzętami, a wszystko to wplecione w kontekst społeczności małego miasteczka i walki o sprawiedliwość.