* Dwoistość natury ludzkiej: To jest najbardziej widoczny temat. Powieść bada nieodłączny konflikt między dobrem a złem w każdym człowieku. Jekyll reprezentuje szanowaną, pełną dobrych intencji stronę ludzkiej natury, podczas gdy Hyde ucieleśnia mroczne, pierwotne pragnienia, które czają się pod powierzchnią.
* Niebezpieczeństwa związane z tłumieniem swojej prawdziwej natury: Próbując stłumić swoje mroczniejsze impulsy, Jekyll ostatecznie uwalnia je w postaci Hyde'a. Historia sugeruje, że zaprzeczanie lub tłumienie części siebie może być destrukcyjne.
* Potęga nauki i możliwości jej niewłaściwego wykorzystania: Eksperymenty Jekylla z przemianą w Hyde'a reprezentują pychę nauki, pogląd, że istoty ludzkie mogą bawić się w Boga i manipulować naturą. Fabuła ostrzega przed niekontrolowaną pogonią za wiedzą i jej potencjalnie szkodliwymi konsekwencjami.
* Konsekwencje grzechu i odkupienia: Działania Hyde'a przedstawiają konsekwencje ulegania złym pragnieniom. Historia bada także możliwość odkupienia, gdy Jekyll próbuje odpokutować za swoje czyny i ostatecznie staje w obliczu konsekwencji swoich wyborów.
* Charakter tożsamości: Przemiana Jekylla w Hyde'a rodzi pytania o naturę tożsamości. Czy tożsamość jest stała czy płynna? Czy można naprawdę oddzielić się od ciemniejszych aspektów swojej osobowości?
* Obłuda społeczna i moralność wiktoriańska: Powieść krytykuje sztywny kodeks moralny społeczeństwa wiktoriańskiego i leżącą u jego podstaw hipokryzję. Przemiana Jekylla w Hyde'a odsłania mroczne nurty kryjące się pod powierzchnią pozornie szanowanego społeczeństwa.
To tylko niektóre z głównych tematów poruszanych w „Doktorze Jekyllu i panu Hyde”. Powieść nadal przemawia do czytelników, ponieważ zagłębia się w ponadczasowe pytania o ludzką naturę, moralność i złożone relacje między dobrem a złem.