Kulminacja: X-Men wraz ze swoimi sojusznikami stawiają czoła Sebastianowi Shawowi i jego drużynie zmutowanych złoczyńców w ostatecznym starciu na pokładzie atomowej łodzi podwodnej. Erik Lehnsherr (Magneto) początkowo szuka zemsty za okrucieństwa popełnione na mutantach, grożąc, że użyje rakiet nuklearnych łodzi podwodnej do zniszczenia świata.
Punkt zwrotny: Charles Xavier (profesor X) interweniuje, odwołując się do człowieczeństwa Erika i przypominając mu, że ich prawdziwym celem jest ochrona mutantów, a nie niszczenie ludzkości. Ten moment połączenia między dwoma przyjaciółmi odwraca losy bitwy.
Zwycięstwo: X-Men, z pomocą Moiry MacTaggert, udaje się rozbroić rakiety i pokonać Shawa i jego drużynę.
Słodko-gorzki koniec: Choć zapewnili sobie tymczasowe zwycięstwo, film kończy się melancholijną nutą:
* Zdrada Erika: Erik, mimo że słowa Charlesa go zachwiały, nadal czuje się głęboko zraniony prześladowaniami mutantów i odchodzi, aby rozpocząć własną ścieżkę, sugerując potencjalny przyszły konflikt z Charlesem i X-Menami.
* Wina Charlesa: Charles jest załamany odejściem Erika i dźwiga ciężar własnej winy z powodu tragedii kryzysu kubańskiego, któremu nieświadomie pomógł zapobiec, ale kosztem istnień ludzkich.
* Rozpoczyna się nowa era: Film kończy się utworzeniem X-Men jako zespołu oddanego ochronie zarówno ludzi, jak i mutantów, ale z poczuciem niepewności co do przyszłości i potencjalnego zagrożenia, jakie stwarza rosnąca niechęć Erika Lehnsherra.
Zakończenie pozostawia nierozwiązane pytanie: Czy Erik i Charles pozostaną po przeciwnych stronach, czy też znajdą sposób na pokonanie różnic? To pytanie wyznacza grunt pod przyszłość serii X-Men.