Jednak w miarę rozwoju historii napięcie pojawia się, gdy wybrana grupa świń zaczyna manipulować i wykorzystywać inne zwierzęta. Konflikt zaostrza się, gdy świnie, dowodzone przez przebiegłego i autorytarnego dzika Napoleona, zaczynają modyfikować Siedem Przykazań – naczelne zasady gospodarstwa – tak, aby służyły własnym interesom.
Napoleon i jego towarzysze stopniowo przejmują role przywódcze i ustanawiają system hierarchiczny, który stawia ich ponad innymi zwierzętami. Prowadzi to do głębokiego podziału w społeczności zwierząt, ponieważ Napoleon i jego poplecznicy cieszą się przywilejami i luksusami, podczas gdy reszta zwierząt trudzi się utrzymaniem farmy.
Konflikt toczy się wokół dążenia świń do władzy i walki innych zwierząt o utrzymanie ideałów ich początkowego buntu. Ostatecznie eksploracja przez Animal Farm wyzwań związanych z wspieraniem prawdziwej równości staje się krytyką społeczeństw totalitarnych i korupcji pozornie szlachetnych ideologii.