1. Spisek rządowy :Bourne był pierwotnie świetnie wyszkolonym zabójcą CIA, znanym jako „David Webb”. Jednak po tym, jak nieuczciwa operacja się nie powiodła, doznał amnezji i stał się cywilem, nie pamiętając swojej przeszłości. CIA i inne agencje rządowe starają się go wyeliminować, aby ukryć tajemnice programu Treadstone, tajnego projektu tajnych operacji, w wyniku którego powstał Bourne i inni zabójcy mu podobni.
2. Czarny wrzosiec :Blackbriar to organizacja będąca następcą Treadstone, utworzona przez byłych urzędników CIA. Chcą kontrolować Bourne'a i wykorzystywać jego umiejętności do własnych tajnych operacji. Jednak Bourne staje się zagrożeniem dla ich planów ze względu na swoją niezależność i ryzyko ujawnienia ich działalności.
3. Cyryl i rząd rosyjski :W niektórych przypadkach działania Bourne'a stają w konflikcie z interesami rosyjskiego rządu, w szczególności z postacią Cyryla. Kirill to wysokiej rangi oficer rosyjskiego wywiadu, który pragnie zemsty na Bourne'u za przeszłe czyny, które wiązały się ze śmiercią bliskich. Uważa Bourne'a za osobistego wroga i stara się go wyeliminować.
4. Osobista wrogość :Kiedy Bourne odkrywa prawdę o swojej przeszłości i otaczających go spiskach, spotyka osoby, które planują osobistą zemstę przeciwko niemu. Osoby te mogą być byłymi współpracownikami lub wrogami, którzy czują się zdradzeni lub pokrzywdzeni działaniami Bourne’a, co motywuje ich do szukania zemsty.
Należy zauważyć, że powody, dla których chcesz zabić Bourne'a, różnią się w zależności od konkretnego wątku fabularnego książek lub filmów z serii Bourne i nie wszystkie z tych powodów mogą występować w każdej historii.