Danforth od początku brał udział w procesach i był obecny na wielu egzaminach i przesłuchaniach. Często przesłuchiwał oskarżonych i naciskał na nich, aby przyznali się do winy. Odegrał także rolę w wydaniu wyroku skazującego oskarżonych i podpisał wiele wyroków śmierci.
Działania Danfortha podczas procesów spotkały się z szeroką krytyką historyków i ekspertów prawnych. Często jest postrzegany jako symbol ekscesów procesów czarownic w Salem i niebezpieczeństw związanych z pozwoleniem, aby histeria i uprzedzenia zwyciężyły nad rozsądkiem i sprawiedliwością.