Matylda staje także przed problemem rozprawienia się z tyrańską dyrektorką swojej szkoły, panną Trunchbull, której surowe i opresyjne metody tworzą wrogą atmosferę dla uczniów. Matylda postanawia przeciwstawić się jej, wykorzystując swoje niezwykłe moce umysłowe, w tym telekinezę, aby zdemaskować okrucieństwo i niekompetencję panny Trunchbull i doprowadzić do pozytywnych zmian w szkole.
Kolejnym problemem, przed którym stoi, jest uzyskanie sprawiedliwości dla panny Honey, życzliwej nauczycielki, która została źle potraktowana przez pannę Trunchbull. Wysiłki Matyldy, by pomóc pannie Honey, ostatecznie doprowadziły do usunięcia panny Trunchbull i stworzenia szczęśliwszego środowiska dla uczniów w szkole.