* Thomas i jego przyjaciele, Minho, Newt i Teresa, w końcu uciekają z przerażającego Labiryntu.
* Poznają prawdę o swoim prawdziwym celu:służyć jako uczestnicy okrutnego eksperymentu prowadzonego przez WCKD, organizację, która stworzyła i kontrolowała Labirynt.
* Teresa ujawnia swoją lojalność wobec WCKD, pozostawiając Thomasa załamanego i zastanawiającego się, komu może zaufać.
* Grupa, obecnie zbiegów, wyrusza w niebezpieczną podróż przez Scorch, odludne i zdradzieckie pustkowia, w poszukiwaniu mitycznej Bezpiecznej Przystani, miejsca, w którym mogą uwolnić się ze szponów WCKD.
* Po drodze stają przed licznymi wyzwaniami, w tym bezlitosnymi Poparzeńcami, gwałtownymi burzami i wszechobecnym zagrożeniem ze strony Stwórców.
* W końcu docierają do Safe Haven i odkrywają, że nie jest to to, na co liczyli. Jest to tymczasowe schronienie, kontrolowane przez inną frakcję, która również stara się je wykorzystać do własnych celów.
* Thomas, Minho i Newt poznają prawdę o Flarze, śmiertelnej chorobie, która spustoszyła świat. Zdają sobie sprawę, że dzięki swojej wyjątkowej odporności mają klucz do znalezienia lekarstwa.
* Z nowo odkrytą determinacją postanawiają stawić czoła WCKD i raz na zawsze zakończyć swoje rządy terroru. Wyruszają na ostatnią misję, infiltrując siedzibę WCKD, aby ujawnić tajemnice organizacji i uwolnić tych, którzy byli więzieni i na których przeprowadzano eksperymenty.
* W klimatycznej bitwie Thomas i jego przyjaciele pokonują liczne przeszkody, stawiając czoła swoim najgłębszym lękom i poświęcając wszystko dla większego dobra ludzkości.
* Ostatecznie udaje im się spełnić swoją misję, obalając WCKD i zapewniając przyszłość, w której ludzie będą mogli żyć wolni od szponów manipulacji i ucisku.