Istnieją dwie główne komory:
* Komnata Cieni: To tutaj po raz pierwszy zmierzysz się z Pokémonem Cienia. Musisz z nimi walczyć, aby je oczyścić.
* Komnata Ciemności: To ostatnia komnata, w której zmierzysz się z ostatnim bossem, przywódcą Pokémonów Cienia. Jest dostępny po wykonaniu określonych zadań i oczyszczeniu kilku Pokémonów Cienia.
Dokładna lokalizacja w Ośrodku Pokémonów Cienia nie jest określona w grze, ale zwykle można ją znaleźć głębiej w ośrodku po przejściu fabuły.