Lepszym sposobem czyszczenia fletu jest użycie miękkiej, suchej szmatki, aby usunąć brud i kurz. Jeśli wewnątrz fletu nagromadziła się wilgoć, można użyć specjalnego wyciorku do czyszczenia z dołączoną miękką ściereczką, aby wysuszyć wnętrze instrumentu. Dobrym pomysłem jest również okresowe czyszczenie i konserwacja fletu przez profesjonalnego technika zajmującego się fletami, aby mieć pewność, że pozostanie on w dobrym stanie do gry.