* Fortepian: W wywiadach wspominał o grze na pianinie, a nawet występował na nim w niektórych swoich rolach.
* Gitara: Podczas niektórych występów telewizyjnych widziano go grającego na gitarze, a nawet występował z zespołem.
* Bębny: Podczas kilku występów pokazał swoje umiejętności gry na perkusji.
* Ukulele: Ma w domu ukulele i wykazuje zainteresowanie nauką.
Chociaż nie jest zawodowym muzykiem, Neil Patrick Harris wydaje się czerpać przyjemność z gry na różnych instrumentach dla zabawy i nawet włącza je do swojej twórczości.