- Muzyka orkiestrowa:
- Koncerty brandenburskie (1721)
- Suity orkiestrowe (1720-1723)
- Koncerty skrzypcowe (1717-1723)
- Muzyka klawiszowa:
- Klavier o dobrym usposobieniu (1722, 1744)
- Wariacje Goldbergowskie (1741)
- Apartamenty Francuskie (1722-1725)
- Wynalazki i Sinfonie (1723)
- Muzyka organowa:
- Toccata i fuga d-moll (ok. 1703-1707)
- Passacaglia i fuga c-moll (ok. 1708)
- Preludium i Fuga G-dur (ok. 1730-1735)
- Muzyka wokalna:
- Pasja według św. Mateusza (1727)
- Pasja Św. Jana (1724)
- Magnificat (1723)
- Oratorium na Boże Narodzenie (1734-1735)
- Inne prace:
- Das Musikalische Opfer (Oferta muzyczna) (1747)
- Sztuka fugi (ok. 1749-1750)
- Kantaty (ponad 200)
- Msze (6)