W 1989 roku Christian Brando stanął przed sądem w Los Angeles, gdzie usłyszał zarzut morderstwa. Został osądzony i skazany za pobicie Daga Drolleta na śmierć w 1990 roku i skazany na 10 lat więzienia. Drollet był chłopakiem przyrodniej siostry Brando, Cheyenne.
Po skazaniu za morderstwo życie Brando nadal pogrążało się w nadużywaniu narkotyków i samozniszczeniu. Pozostał w więzieniu do 1996 r., kiedy to został zwolniony wcześniej po odbyciu niecałej połowy z 10-letniego wyroku.
W styczniu 2005 roku Brando został ponownie aresztowany, tym razem za rzekomą kradzież własnej matce biżuterii o wartości 2 milionów dolarów. Zarzuty przeciwko niemu zostały później oddalone.
Pod koniec 2006 roku Christian Brando trafił do szpitala z powodu infekcji płuc. Następnie zdiagnozowano u niego zapalenie płuc i przeniesiono go do Centrum Medycznego UCLA w Los Angeles w Kalifornii.
Christian Brando zmarł 26 stycznia 2008 roku w Centrum Medycznym UCLA w wieku 49 lat. Przyczyną śmierci było zapalenie płuc i powikłania niewydolności wątroby.
Śmierć Brando w wieku 49 lat oznaczała smutny i tragiczny koniec życia, które mogło być pełne obietnic i potencjału. Zamiast tego było to życie tragicznie przerwane przez uzależnienie i przemoc.