Metody badawcze wykorzystywać zarówno etnografię, jak i transkrypcję i analizę muzyki, a także uwzględniać badania terenowe i wywiady z informatorami. Niektórzy etnomuzykolodzy również wykonują muzykę, którą studiują, inni natomiast skupiają się bardziej na analizie i interpretacji.
Praca w terenie pozwala etnomuzykologom zanurzyć się w muzyce i kulturze ludzi, których studiują, pozwalając im na głębokie zrozumienie roli, jaką muzyka odgrywa w ich życiu.
Ponieważ kultury i praktyki muzyczne stale się zmieniają, etnomuzykolodzy często gromadzą nagrania audio i wideo, transkrybują i analizują wykonania muzyczne, tworzą instrumenty muzyczne, komponują i aranżują muzykę oraz dokumentują wyniki swoich badań w książkach, artykułach i innych publikacjach.