- Jego metody eksperymentalne nie zawsze były rygorystyczne. Czasami opierał się na dowodach niepotwierdzonych i nie zawsze kontrolował zmienne. To doprowadziło do tego, że niektóre jego wnioski były błędne.
- Czasami zbyt szybko uogólniał na podstawie swoich eksperymentów. Często wygłaszał daleko idące stwierdzenia oparte na ograniczonej liczbie obserwacji. Doprowadziło to do nadmiernego uproszczenia niektórych jego teorii.
- Nie zawsze był otwarty na nowe pomysły. Czasami był odporny na nowe teorie, które zaprzeczały jego własnym. Uniemożliwiło mu to dokonanie kilku ważnych odkryć.
Pomimo tych słabości Robert Boyle był genialnym naukowcem, który wniósł znaczący wkład w naukę. Jego prace pomogły w stworzeniu podstaw współczesnej chemii i fizyki.