Gdy szpiedzy próbują się przechytrzyć, napotykają komiczne przeszkody, które zamieniają ich szpiegostwo w poboczny spektakl slapstickowej komedii. Czarny Szpieg zostaje zaplątany w gigantyczne jo-jo, podczas gdy Biały Szpieg jest ścigany przez rój gumowych kurczaków. Flora i fauna wyspy przyłączają się do szaleństwa – gadające papugi drwią z każdego ruchu szpiegów, a złośliwe małpy kradną ich tajne plany.
Pośród narastającego chaosu dwaj szpiedzy natrafiają na ukryte podziemne laboratorium, w którym odkrywają twórcę ich niekończącej się rywalizacji:złośliwego naukowca MAD, profesora Wacko. Okazuje się, że Wacko organizował misje Szpieg kontra Szpieg dla własnej rozrywki, używając zdalnie sterowanych przebrań i podstępnych gadżetów, aby szpiedzy ścigali cienie.
W kulminacyjnej scenie, która wymyka się logice i rozumowi, Czarny Szpieg i Biały Szpieg łączą siły przeciwko profesorowi Wacko i biorą udział w szalonej bitwie, w której biorą udział ciasta z kremem, eksplodujące cygara i gigantyczna gumka recepturka. W końcu szpiedzy i naukowiec zostają wplątani w zawiły splot wydarzeń, który powoduje zawroty głowy i całkowitą klęskę.
Gdy kurtyna opada na przygodę Szpieg kontra Szpieg, agenci wracają do swoich kwater głównych, zastanawiając się, czy ich ostatnia eskapada nie była tylko szaloną halucynacją. Z charakterystycznymi uśmiechami wzruszają ramionami i przygotowują się do następnej misji, wiedząc, że świat Spy vs Spy zawsze będzie pełen zwariowanych niespodzianek i nieprzewidywalnych zwrotów akcji.