Czajkowski zmarł 6 listopada 1893 roku (25 października według starego rosyjskiego kalendarza juliańskiego) na cholerę, która wówczas stanowiła poważne zagrożenie dla zdrowia publicznego i mogła szybko się rozprzestrzeniać, jeśli zakażona woda zostanie nieświadomie spożyta. Choć wielu osobom może się to dzisiaj wydawać „niezwykłe”, epidemie cholery nie były wówczas szczególnie rzadkie.
W tym czasie w okolicach Petersburga (dzisiejszy Leningrad w Rosji), gdzie przebywał Czajkowski, wybuchła epidemia cholery. Niestety zaraził się bakterią, która przez kilka dni poważnie odbiła się na jego zdrowiu, ostatecznie przyczyniając się do jego śmierci.
Aby zapobiec późniejszym spekulacjom i kontrowersjom, diagnoza lekarzy stwierdziła prawdopodobną infekcję spowodowaną skażoną wodą lub niegotowaną żywnością, którą Czajkowski mógł niechcący spożyć. Nie istnieją żadne niezwykłe teorie na temat jego śmierci poza chorobą prowadzącą do śmierci.