1. Prostota i łatwość wdrożenia. Szyfry monoalfabetyczne są stosunkowo proste w tworzeniu i wdrażaniu, wymagają jedynie mapowania liter tekstu jawnego na litery tekstu zaszyfrowanego. Ta prostota sprawia, że są one dostępne dla szerokiego grona użytkowników, w tym zwykłych użytkowników i osób nieposiadających rozległej wiedzy kryptograficznej.
2. Odporność na ataki brutalną siłą. Ataki typu brute-force, które polegają na systematycznym wypróbowywaniu wszystkich możliwych kluczy, w przypadku bardziej złożonych szyfrów mogą wymagać intensywnych obliczeń. Jednakże w przypadku szyfrów monoalfabetycznych liczba możliwych kluczy jest ograniczona liczbą użytych znaków (tj. alfabetu). Dzięki temu ataki brute-force są bardziej wykonalne, ale nadal stanowią wyzwanie w przypadku dużych alfabetów lub dłuższych klawiszy.
3. Przydatność do określonych zastosowań. Szyfry monoalfabetyczne szczególnie dobrze nadają się do zastosowań o niskim poziomie bezpieczeństwa, takich jak ukrywanie tajnych wiadomości w zwykłej komunikacji, osobistych pamiętnikach lub dokumentach niekrytycznych. Ich prostota i łatwość użycia sprawiają, że są praktyczne w takich scenariuszach.
Należy zauważyć, że szyfry monoalfabetyczne są ogólnie uważane za słabe według współczesnych standardów kryptograficznych. Do zabezpieczania poufnych informacji ogólnie preferowane są bardziej niezawodne techniki szyfrowania, takie jak szyfry polialfabetyczne i nowoczesne algorytmy kryptograficzne, takie jak AES.