Jednakże doświadczył kilku doświadczeń bliskich śmierci i został zabity w alternatywnych liniach czasowych i fabułach :
* Saga klonów (1994–1996): W tej niesławnej historii Spider-Man pozornie umarł i został zastąpiony przez klona, chociaż ostatecznie okazało się, że było to oszustwo.
* „Jeszcze jeden dzień” (2007): W tej historii Spider-Man zawiera umowę z Mephisto, aby uratować życie cioci May, ale kosztem wymazania jego małżeństwa z Mary Jane Watson.
* „Śmierć Spider-Mana” (2004): Była to osobna ciągłość, poza głównym uniwersum Marvela, w której Spider-Man został zabity przez Zielonego Goblina.
* „Spider-Man:Panowanie” (2007): W tej przyszłej osi czasu starszy, zblazowany Spider-Man umiera po ostatecznej bitwie z Zielonym Goblinem.
Należy zauważyć, że są to konkretne przypadki i nie dotyczą głównego uniwersum Marvela. Chociaż Spider-Man stawił czoła wielu wyzwaniom i tragediom, nadal jest ikonicznym bohaterem Wszechświata Marvela.