Gdy Rorschach kopie głębiej, odkrywa spisek obejmujący grupę przebranych w kostiumy strażników znanych jako Minutemen, którzy działali w latach czterdziestych i pięćdziesiątych XX wieku. Dowiaduje się także o substancji zwanej „Prometeuszem”, która ma moc nadawania ludziom supermocy.
Rorschach łączy siły z Nite Owl, byłym superbohaterem, który jest obecnie na emeryturze, oraz doktorem Manhattanem, potężną i boską istotą stworzoną przez Veidta. Razem konfrontują się z Veidtem i odkrywają, że to on stoi za spiskiem. Plan Veidta polega na wykorzystaniu Prometeusza do zniszczenia dużego miasta, jednocząc w ten sposób świat w strachu i zapobiegając wojnie nuklearnej.
Rorschach, Nite Owl i doktor Manhattan próbują powstrzymać Veidta, ale jest już za późno. Veidt detonuje bombę, niszcząc Nowy Jork i zabijając miliony ludzi. Następstwa katastrofy pozostawiają świat w chaosie i niepewności.
Strażnicy to złożona i moralnie niejednoznaczna opowieść, która porusza tematy bohaterstwa, samozwańczej czujności oraz natury dobra i zła. To także komentarz do zimnej wojny i groźby wojny nuklearnej.