W Pokémon Crystal podróżujesz pomiędzy miastami i miasteczkami na różne sposoby:
* Chodzenie: Najpopularniejsza metoda, szczególnie na początku gry.
* Jazda na rowerze: Dostępne po zdobyciu Roweru na Ścieżce Rowerowej w Mieście Goldenrod.
* Łódź: Używany do podróżowania między określonymi miastami, na przykład z New Bark Town do Violet City.
* Pociąg: Używany do podróży do niektórych miast, na przykład z Miasta Goldenrod do Miasta Ecruteak. Kupujesz bilety kolejowe na przejazd, ale nie ma dedykowanego „karta kolejowego”.
Gra nie ma systemu przepustek kolejowych, jak niektóre późniejsze gry Pokemon, takie jak Pokemon Diamond, Pearl i Platinum.