Butik został zaprojektowany przez przyjaciela i artystycznego współpracownika Beatlesów, Simona Posthumę, który zaprojektował także okładki ich albumów i inne materiały promocyjne. Miał to być punkt sprzedaży detalicznej towarów związanych z Beatlesami i innymi artystami związanymi z Apple Records, w tym odzieży, akcesoriów i artykułów gospodarstwa domowego.
Sklep słynął z kolorowego i psychodelicznego wystroju, nawiązującego do estetyki końca lat 60-tych. Zawierały także przedmioty zaprojektowane przez samych Beatlesów, takie jak T-shirty, szaliki i biżuteria.
Jednak Apple Boutique od początku borykał się z wyzwaniami, takimi jak brak doświadczenia w zarządzaniu, złe zarządzanie finansami i konkurencja ze strony innych sklepów. Beatlesi napotkali także trudności z dzierżawą nieruchomości oraz nieporozumienia między sobą a swoimi doradcami co do kierunku rozwoju sklepu.
W rezultacie butik Apple został zamknięty w sierpniu 1968 roku, zaledwie po roku działalności. Beatlesi ponieśli znaczne straty finansowe w wyniku przedsięwzięcia, a zamknięcie sklepu oznaczało koniec ich bezpośredniego zaangażowania w działalność detaliczną.