Kiedy używana jest Cudowna Karta, otwiera się specjalne menu, w którym gracze mogą wybrać wydarzenie lub Tajemniczy Prezent, do którego chcą uzyskać dostęp. Wydarzenia mogą obejmować specjalne dystrybucje Pokémonów lub wyzwania, podczas gdy Tajemnicze Prezenty mogą obejmować przedmioty, Pokémony lub inne nagrody.
Aby móc korzystać z karty Wonder Card, gracze muszą upewnić się, że ich konsola Nintendo DS jest podłączona do Internetu lub ma nawiązane lokalne połączenie bezprzewodowe. Po połączeniu mogą wybrać Kartę Cudu ze swojego ekwipunku i aktywować ją, aby uzyskać dostęp do powiązanego wydarzenia lub Tajemniczego Prezentu.
Warto zauważyć, że Karty Cudów były dostępne tylko przez określony czas i dla określonych wydarzeń lub dystrybucji. Niektóre Karty Cudów mogły wygasnąć lub nie być już dostępne, dlatego zawsze dobrze jest sprawdzić szczegóły wydarzenia i dostępność przed próbą użycia konkretnej Karty Cudu.