Zakończenie celowo pozostawiono niejednoznaczne, co pozwala na różne interpretacje. Oto co wiemy:
* Pan jest ranny: Podczas ostatecznej konfrontacji Pan zostaje postrzelony przez faszystowskiego kapitana. Upada i wydaje się, że jest śmiertelnie ranny.
* Podróż Ofelii: Ofelia, podróżując przez labirynt, zapracowała sobie na przejście do podziemi. Sugeruje to, że może dołączyć do Pana w zaświatach.
* Ostatnia scena: Kiedy Ofelia przechodzi przez portal do podziemi, Pana nie widać. Prowadzi to do możliwości, że nie żyje lub po prostu nie zostaje pokazany.
Interpretacje:
* Śmierć Pana: Niektórzy widzowie uważają, że Pan zmarł z powodu odniesionych ran, a Ofelia dołącza do niego w podziemiach.
* Przetrwanie Pana: Inni twierdzą, że Pan mógł przeżyć i czeka na Ofelię w podziemiach, albo że jest po prostu istotą z labiryntu i jego forma fizyczna nie jest tak ważna.
* Znaczenie symboliczne: Dwuznaczność losu Pana jest prawdopodobnie zamierzona i odzwierciedla siłę wyobraźni oraz zacieranie się rzeczywistości i fantazji.
Ostatecznie znaczenie zakończenia zależy od widza. Film pozostawia bez odpowiedzi ważne pytanie:czy Pan umarł, czy też żył w krainie snów i wyobraźni?