1. Zbierz siedem Szmaragdów Chaosu: Są one rozproszone po poziomach gry i potrzebujesz ich wszystkich, aby dotrzeć do ostatecznej bitwy.
2. Na koniec gry zmierz się z Mroczną Gaią: Po zebraniu wszystkich siedmiu Szmaragdów Chaosu zmierzysz się z Dark Gaią w jej prawdziwej postaci, masywną, wielogłową bestią.
3. Użyj mocy Szmaragdów Chaosu: Użyjesz połączonej mocy Szmaragdów, aby oczyścić Mroczną Gaię. Wiąże się to z użyciem formy „Super Sonic”, którą odblokowuje się po zebraniu wszystkich siedmiu Szmaragdów Chaosu.
4. Przeprowadź oczyszczanie: Będąc w formie Super Sonica, przeprowadzisz potężny atak na Dark Gaię. Atak ten nie zabija Dark Gai, ale zamiast tego ją oczyszcza, przywracając równowagę na świecie i przywracając go do pierwotnej formy.
Fabuła gry skupia się na idei restauracji zamiast od razu zabijać. Dark Gaia, choć destrukcyjna, ostatecznie stanowi część równowagi świata, a celem jest przywrócenie jej na należne jej miejsce.