Chociaż Master Ball jest podstawą większości gier Pokemon, jest szczególnie nieobecny w Pokemon Colosseum i jego kontynuacji, Pokemon XD:Gale of Darkness. Decyzja ta została prawdopodobnie podjęta, aby podkreślić skupienie się gry na łapaniu Pokemonów za pomocą systemu „Snap”, który polega na osłabianiu determinacji Pokemona, a nie po prostu jego znokautowaniu.
Brak Master Ball w Colosseum i XD zwiększa wyjątkowe wyzwanie gry i zachęca graczy do opanowania sztuki łapania Pokemonów bez pomocy tego obezwładnionego przedmiotu.