1. Dialga uwolni wchłonięte przez siebie Gearsy Czasu, przywracając normalny przepływ czasu.
2. Gracz i jego partner powrócą do Treasure Town.
3. Pojawi się Dialga i wyjaśni graczowi oraz jego partnerowi, że jego działania były konieczne, aby zapobiec większej katastrofie. Ujawnia, że siła znana jako „Ciemna Materia” manipuluje czasem i powoduje różne zniekształcenia i zakłócenia w świecie.
4. Dialga zleca graczowi i jego partnerowi zadanie powstrzymania Ciemnej Materii.
5. Po tej rozmowie historia będzie kontynuowana, a gracz i jego partner będą eksplorować lochy, walczyć z Pokemonami i rekrutować nowych członków zespołu, aby odkryć prawdę o Ciemnej Materii i położyć kres jej nikczemnym planom.