Fabuła gry kręci się wokół „Imperium Eggmanów” grupa robotów i potworów kontrolowana przez doktora Eggmana. To imperium składa się z różnych „Sługowców Eggmanów”, z których każdy ma unikalne zdolności i wygląd.
Podczas gdy niektóre z tych stronników, jak „Pionek Jaja” i „Szerszeń jajeczny” są znajome, inne są bardziej tajemnicze. Do najczęściej określanych jako „tajemnicze potwory” należą:
* „Jajko Cerbera”: Trójgłowy robot przypominający psa z potężnym wiertłem.
* „Jajeczny Golem”: Masywny, wolno poruszający się robot z dużym młotem.
* „Król Jaj”: Gigantyczny robot przypominający tron z potężnymi laserami.
To tylko kilka przykładów, a w grze pojawia się wiele innych unikalnych i nienazwanych robotów i potworów, które dodają tajemnicy i intrygi.
Tak więc, chociaż nie ma ani jednego „tajemniczego potwora”, zbiorowa obecność tych wyjątkowych i intrygujących postaci przyczynia się do powstania urzekającej i tajemniczej atmosfery Sonic Heroes.