Problemy techniczne:
* Źle zoptymalizowany: W grze występowały spadki liczby klatek na sekundę, usterki i spowolnienia, szczególnie na PlayStation 3. To sprawiało, że nawet podstawowa rozgrywka wydawała się niezgrabna i frustrująca.
* Projekt poziomów: Wiele poziomów było powtarzalnych, pozbawionych inspiracji i zagmatwanych. Kąty kamery często utrudniały rozgrywkę, utrudniając nawigację.
* Błędy: Sonic 06 był nękany licznymi błędami, począwszy od wrogów przechodzących przez ściany, po modele postaci przelatujące przez otoczenie. To spowodowało niesamowicie niestabilne i zepsute doświadczenie.
Problemy z rozgrywką:
* Nie odpowiada elementy sterujące: Kontrolowanie Sonica, Shadowa i Silvera było niewygodne ze względu na niespójną fizykę i śliskie ruchy.
* Projekt poziomów: Poziomom często brakowało różnorodności, z powtarzalnym środowiskiem i banalnymi sztuczkami. Doprowadziło to do monotonnego i mało angażującego doświadczenia.
* Trudne walki z bossami: Wiele bitew z bossami było frustrująco niesprawiedliwych, z niejasnymi wzorami ataków i tanią taktyką.
Problemy związane z fabułą:
* Zagmatwane i zawiłe: Historia była zawiłym bałaganem, z mylącymi punktami fabuły, niespójnymi motywacjami postaci i bezsensownym zakończeniem.
* Słaby rozwój postaci: Postacie, zwłaszcza Shadow i Silver, były słabo napisane i brakowało im głębi. Ich interakcje wydawały się wymuszone i pozbawione wagi emocjonalnej.
* Wymuszony romans: Wprowadzenie Elise, ludzkiej księżniczki, było irytującym dodatkiem do wszechświata Sonic i wydawało się wymuszone i niepotrzebne.
Inne czynniki:
* Przyspieszony rozwój: Gra spieszyła się, aby dotrzymać wakacyjnego terminu, co zaowocowało wysoce niedokończonym produktem.
* Słaby marketing: Sonic 06 był mocno reklamowany przed premierą, co ostatecznie doprowadziło do rozczarowania fanów ze względu na niską jakość gry.
Ogólnie rzecz biorąc, Sonic 06 nie spełnił obietnicy świeżego i innowacyjnego doświadczenia Sonic. Problemy techniczne, wady rozgrywki i zawiła historia sprawiły, że gra stała się frustrująca i rozczarowująca, powszechnie uważana za najgorszy punkt serii.
Należy pamiętać, że niektórzy fani mogą mieć odmienne zdanie na temat gry i być może czerpać przyjemność z jej wad. Jednak ogólny odbiór i krytyczne recenzje są w przeważającej mierze negatywne.