Oto dlaczego:
* Różne pokolenia: Pokémon Crystal to gra Generacji II (wydana w 2000 r.), natomiast Pokémon Ruby to gra Generacji III (wydana w 2002 r.).
* Niekompatybilne systemy transakcyjne: Systemy handlowe między dwoma pokoleniami są zasadniczo różne. Używają różnych protokołów komunikacyjnych i struktur danych do przechowywania i przesyłania Pokémonów.
Dlatego bezpośredni handel pomiędzy Pokémon Crystal i Pokémon Ruby nie jest możliwy.