Fabuła filmu koncentruje się na odkryciu Arki, ukrytego statku kosmicznego zawierającego potężną broń, i późniejszej walce z Decepticonami. Postacie ludzkie skupiają się głównie na Samie Witwickym (Shia LaBeouf) i jego nowej dziewczynie, Carly Spencer (Rosie Huntington-Whiteley).
Choć oficjalny powód nieobecności Megan Fox nie został podany do wiadomości publicznej, powszechnie uważa się, że jej odejście wynikało z twórczych różnic z reżyserem Michaelem Bayem. Podobno podczas produkcji Transformers:Revenge of the Fallen (2009) doszło do napięć między Foxem i Bayem.
Pomimo jej nieobecności los Mikaeli nie jest wyraźnie poruszony w filmie. Sugeruje się, że ona i Sam rozstali się.