Jednak niektóre Pokémony są trudniejsze do znalezienia lub wymagają spełnienia określonych warunków, co czyni je trudniejszymi do zdobycia. Oto kilka przykładów:
* Legendarny Pokémon: Rayquaza jest głównym bohaterem tej historii i jest jedynym legendarnym Pokémonem dostępnym w grze. Choć technicznie rzecz biorąc, nie jest to „rzadkie” pod względem możliwości zdobycia, z pewnością jest wyzwaniem do złapania.
* Pokemony Cienia: Są to specjalne wersje istniejących Pokémonów z unikalnymi zdolnościami i wyglądem. Niektóre Pokémony cienia, takie jak Shadow Lugia lub Shadow Mewtwo, są dostępne tylko poprzez określone wydarzenia lub poprzez handel.
* Pokémon wymagający określonych warunków: Niektóre Pokémony, takie jak Eeveelucje, mogą pojawiać się tylko w określonych okolicznościach, na przykład o określonych porach dnia lub w określonych miejscach.
Ostatecznie „rzadkość” Pokémona w XD:Gale of Darkness zależy od twojej definicji i tego, co uważasz za trudne do zdobycia.