W całej książce na terenie Hogwartu dochodzi do tajemniczych petryfikacji uczniów urodzonych w mugolach, pozostawiając ich zamrożonych niczym kamienne posągi. Harry wraz ze swoimi najlepszymi przyjaciółmi Ronem Weasleyem i Hermioną Granger postanawia rozwiązać zagadkę tych ataków i zapobiec dalszym krzywdom wyrządzonym innym uczniom.
Szlak prowadzi Harry'ego i jego przyjaciół do różnych wyzwań i odkryć, w tym do rozszyfrowania zagadek i stawienia czoła magicznym przeszkodom i pułapkom, gdy ścigają się z czasem, aby rozwiązać zagadkę związaną z Komnatą Tajemnic. Ostatecznie Harry staje twarzą w twarz z dziedzicem Slytherina i istotą ukrytą w Komnacie, co prowadzi do ostatecznej, ekscytującej konfrontacji wśród niebezpiecznych magicznych niebezpieczeństw.