Arsenal Gear to potężna łódź podwodna uzbrojona w broń nuklearną. Jest kontrolowany przez Solidusa Snake’a, przywódcę organizacji terrorystycznej Sons of Liberty. Raiden, postać gracza, musi zinfiltrować Arsenal Gear i powstrzymać Solidusa przed użyciem broni nuklearnej.
Walka z Solidusem to ekscytująca i wymagająca walka. Solidus to potężny przeciwnik, który używa różnorodnych broni i technik, aby pokonać Raidena. Raiden musi wykorzystać wszystkie swoje umiejętności i zdolności, aby pokonać Solidusa i uratować świat.
Zniszczenie Arsenału i ostateczna walka z Solidusem Snakem to moment niezapomniany, ponieważ stanowi punkt zwrotny w grze. To moment, w którym Raiden ostatecznie pokonuje swoich wrogów i ratuje świat. To także moment wielkiego katharsis, gdyż Raiden w końcu dokonuje zemsty za śmierć swoich rodziców.