1. Atak Dementora: Książka rozpoczyna się od ataku Harry'ego przez dementorów w drodze do domu swojego mugolskiego kuzyna Dudleya. Używa zaklęcia Patronusa, aby odeprzeć dementorów, ale jego nielegalne używanie magii poza Hogwartem prowadzi do wyrzucenia go.
2. Zakon Feniksa: Syriusz Black, ojciec chrzestny Harry'ego, informuje go, że Ministerstwo Magii stara się zataić doniesienia o powrocie Voldemorta. Aby temu zaradzić, Dumbledore tworzy Zakon Feniksa, tajną organizację zajmującą się walką z Voldemortem i jego zwolennikami.
3. Propaganda Ministerstwa: Ministerstwo dyskredytuje relację Harry'ego o powrocie Voldemorta i określa go jako kłamcę i osobę poszukującą uwagi. Prorok Codzienny, czarodziejska gazeta, publikuje negatywne artykuły na temat Harry'ego, co jeszcze bardziej szkodzi jego reputacji.
4. Obrona przed czarną magią: Dolores Umbridge, wyższa urzędniczka Ministerstwa, zostaje mianowana nową profesor obrony przed czarną magią w Hogwarcie. Odmawia nauczania studentów praktycznych zaklęć obronnych, twierdząc, że wystarczy wiedza teoretyczna.
5. Bunt studencki: Sfrustrowani metodami Umbridge i niechęcią Ministerstwa do zaakceptowania prawdy o Voldemorcie, Harry, Hermiona Granger i Ron Weasley tworzą podziemną organizację studencką zwaną Armią Dumbledore'a. Spotykają się potajemnie, aby nauczyć się właściwej obrony przed czarną magią.
6. Ujawnione proroctwo: Harry dowiaduje się z przepowiedni ukrytej w Departamencie Tajemnic, że on lub Voldemort muszą zabić drugiego, aby przeżyć. Ich losy są ze sobą nierozerwalnie powiązane.
7. Bitwa w Departamencie Tajemnic: Voldemort zwabia Harry'ego i jego przyjaciół do Departamentu Tajemnic w poszukiwaniu przepowiedni, która jego zdaniem zagwarantuje mu nieśmiertelność. Wywiązuje się pełna napięcia bitwa pomiędzy Armią Dumbledore'a a Śmierciożercami, wyznawcami Voldemorta. Syriusz Black umiera podczas konfliktu, niszcząc Harry'ego.
8. Prawda objawiona: Harry zostaje uniewinniony po tym, jak Ministerstwo Magii jest świadkiem powrotu Voldemorta. Dumbledore potwierdza, że Voldemort próbował opętać Harry'ego jako dziecko, ale mu się to nie udało.
9. Następstwa i klif: Książka kończy się, gdy Świat Czarodziejów jest w stanie najwyższej gotowości, wiedząc, że znacząca bitwa z Voldemortem i jego siłami jest nieunikniona.
„Harry Potter i Zakon Feniksa” porusza tematy przyjaźni, odwagi i znaczenia walki o to, co słuszne, w kulminacyjnej bitwie, która zmienia bieg serii.