Dobro kontra zło: Powieść porusza klasyczny temat walki dobra ze złem, reprezentowany przez Sherlocka Holmesa i Ogara. Holmes uosabia siłę rozumu i dedukcji, podczas gdy Ogar symbolizuje siły ciemności i przesądów.
Kondycja ludzka: Powieść zagłębia się także w kondycję człowieka, zwłaszcza tematykę strachu, winy i odkupienia. Sir Henry'ego Baskerville'a prześladuje klątwa ciążąca na jego rodzinie, podczas gdy doktor Mortimer zmaga się z poczuciem winy z powodu śmierci Sir Charlesa Baskerville'a. Holmes reprezentuje jednak triumf ludzkiego intelektu nad przesądami i strachem.