* Rex Goodwin: Lider Mrocznych Znaków i główny antagonista serii.
* Devack: Pierwszy pojawiający się Mroczny Znak i były przyjaciel Yusei Fudo.
* Roman Goodwin: Brat Rexa i drugi Mroczny Znak, który się pojawił.
* Kalinin: Rosyjski Mroczny Znak, który wykorzystuje ciemną kartę do manipulowania innymi.
* Mglisty: Tajemnicza kobieta, która pojawia się jako piąty Mroczny Znak.
* Z-jeden: Potężna istota z przyszłości, która organizuje wydarzenia z serii. Technicznie rzecz biorąc, nie jest Mrocznym Znakiem, ale ma z nimi silną więź.
* Antynomia: Enigmatyczna postać, która pojawia się u boku Z-one i jest również powiązana z Mrocznymi Znakami.
Należy zauważyć, że chociaż Mroczni Znacy są głównymi antagonistami, Z-One i Antinomy to bardziej złożone postacie posiadające własne motywacje.