Teksty opisują burzliwy romans, który początkowo wydawał się idealny, ale wkrótce ujawnił swoją ciemną stronę. Narratorka śpiewa o tym, jak od początku wiedziała, że są czerwone flagi, ale zignorowała je ze względu na intensywne uczucia, jakie żywiła do tej osoby.
W całej piosence Swift używa metaforycznego języka i obrazów, aby oddać emocjonalne zamieszanie w związku. Porównuje swoją miłość do „karmazynowej klątwy” i „narkotyku”, od którego była uzależniona, mimo że wiedziała, że jest szkodliwy.
Refren podkreśla, że narratorka zdała sobie sprawę, że przesadziła i powinna była przewidzieć nadchodzące kłopoty:„Wiedziałem, że sprawiasz kłopoty, kiedy wszedłeś, więc teraz się wstydź”.
Most utworu osiąga punkt kulminacyjny, gdy narratorka wyraża swoją frustrację i złość, żałując, że nie może wrócić i cofnąć swojej decyzji o związaniu się z tą osobą. Zdaje sobie sprawę, że dała się zaślepić swoim uczuciom i zapłaciła za to wysoką cenę.
Końcowy refren powtarza główne przesłanie piosenki, wzmacniając myśl, że narratorka wiedziała, że jej miłość jest zmartwiona, ale mimo to pozwoliła się w to wciągnąć.
Ogólnie rzecz biorąc, „I Knew You Were Trouble” służy jako przestroga o niebezpieczeństwach wynikających z ignorowania czerwonych flag i ulegania intensywnym emocjom w związku, co ostatecznie prowadzi do załamania serca i żalu.