Flet posiada również system kluczy, który pozwala graczowi łatwo i szybko otwierać i zamykać otwory tonowe. Ten kluczowy system składa się z szeregu dźwigni i prętów połączonych z otworami tonowymi. Naciśnięcie klawisza powoduje otwarcie odpowiedniego otworu tonowego, a zwolnienie klawisza powoduje zamknięcie odpowiedniego otworu tonowego.
Zmieniając długość kolumny powietrza oraz otwierając i zamykając otwory tonowe, flecista może wytwarzać szeroką gamę nut. Najniższa nuta, jaką może wytworzyć flet, to C poniżej środkowego C, a najwyższa nuta, jaką może wydobyć flet, to C trzy oktawy powyżej środkowego C.