Oto niektóre z najsłynniejszych kompozycji Bacha na każdy instrument:
Klavier:
- The Well-Tempered Clavier (dwa zestawy preludiów i fug we wszystkich 24 tonacjach durowych i molowych)
– Wariacje Goldbergowskie
- Apartamenty francuskie
- Apartamenty angielskie
- Partity
- Wynalazki i sinfonie
Organy:
- Toccata i fuga d-moll
- Preludium i Fuga Es-dur
- Fantazja i fuga g-moll
- Passacaglia i fuga c-moll
— Preludia chorałowe
Skrzypce:
- Sonaty i partity na skrzypce solo
– Koncert podwójny na skrzypce
- Koncerty skrzypcowe nr 1 i 2
Viola da gamba:
- Sześć suit dla Violi da Gamba
- Sonaty na altówkę da gambę i klawesyn
Wiolonczela:
- Sześć suit na wiolonczelę
- Koncerty wiolonczelowe nr 1 i 2
- Apartamenty na wiolonczelę
Flet:
— Sonaty fletowe
— Koncerty fletowe
Obój:
— Koncerty na obój
- Sonaty na obój
Fagot:
— Koncert fagotowy
— Sonaty fagotowe
Trąbka:
- II Koncert brandenburski
- Koncert na trąbkę D-dur
Puzon:
- I Koncert brandenburski
- Preludia chorałowe z puzonami
W twórczości Bacha znajdują się także liczne dzieła wokalne, takie jak kantaty, motety, pasje i oratoria. Do jego najsłynniejszych dzieł wokalnych należą:
- Pasja św. Mateusza
- Pasja Św. Jana
- Msza h-moll
- Magnificat
– Oratorium na Boże Narodzenie
– Oratorium Wielkanocne